Het vliegverkeer van en naar Lelystad Airport volgt de routes zoals vastgelegd in de luchtvaartgids (AIP Netherlands). Binnen het door luchtverkeersleiding gecontroleerde luchtruim van Lelystad Airport volgen de piloten de gepubliceerde routes en de instructies van de luchtverkeersleiders. Buiten het gecontroleerd gebied van Lelystad Airport bepalen piloten zelf hun route op basis van de algemene wet- en regelgeving voor piloten (bijv. vlieghoogte, afstand etc.) en hoeven ze geen instructies aan te vragen bij de luchtverkeersleiding.
De verkeersleiding voorziet het vliegverkeer van de juiste vlieginformatie (o.a. weer, drukte op het veld) en bepaalt op welk moment een vliegtuig het gecontroleerde luchtruim mag binnen- of uitvliegen. De meeste piloten op Lelystad vliegen op zicht en volgen de vastgestelde routes aan de hand van kenmerken in het landschap, waardoor er kleine variaties in het vliegpad kunnen zijn, ook ingegeven door bijvoorbeeld weersomstandigheden, ander vliegverkeer en vliegtuigtype.
Op de kaart op deze link is te zien wat gecontroleerd en ongecontroleerd gebied is en welke vliegroutes er zijn van en naar Lelystad Airport.